SynergyFinder Local

전처리 — Response가 viability면 inhibition = 100 − viability로 변환합니다. 자동 판정은 무처리 well(Conc1=0, Conc2=0) 평균이 50을 넘으면 viability로 봅니다. 반복 well은 평균±표준편차로 묶습니다.

HSA — 기준값 = 두 단독 처리 중 큰 쪽, synergy = 관측 inhibition − max(y1, y2).
Bliss — 기준값 y1 + y2 − y1·y2/100.
단독 처리 행·열(Conc가 한쪽만 0)은 정의상 0입니다.

대표 점수 — 조합 well(양쪽 농도 모두 0 초과)의 평균 ± 표준오차. R 스크립트의 mean(dat %>% filter(c1!=0 & c2!=0))과 같은 정의입니다. MSA는 3×3 창을 훑어 평균이 가장 큰 구간(most synergistic area)입니다.

플롯 크기·글꼴 — 캔버스는 inch 단위로 잡고 글자는 pt로 지정합니다. 기본값은 R 스크립트와 같습니다 — ggsave(width=5, height=5, dpi=300), 제목 14.4pt bold, 축 제목 14.4pt bold, 축 눈금 12pt, 셀 숫자 8.5pt, 괄호 숫자 7.7pt. 제목은 ggplot 기본값(plot.title.position = "panel")대로 패널 왼쪽에 맞춰 놓았습니다. 값을 바꿔도 미리보기와 PNG가 항상 같은 비율로 유지됩니다.

Contour — R 버전은 mgcv GAM으로 부드럽게 만들지만, 여기서는 Catmull-Rom 3차 보간을 씁니다. 모양은 거의 같지만 완전히 동일하지는 않습니다. 논문용 최종 그림은 R 스크립트 결과를 쓰는 편을 권합니다.

Concordance — HSA와 Bliss가 모두 양수인 dose pair를 셉니다. HSA는 단독 약물 효과가 이미 큰 구간에서 위양성이 나기 쉬운데, Bliss는 곱셈 모델이라 그 구간에서 더 보수적이라 교차 검증이 됩니다. 다만 concordant pair만 골라 낸 평균은 항상 전체 평균보다 큽니다 (HSA>0 조건으로 걸렀으니 당연히 그렇습니다). 논문 보고용 대표값은 조합 well 전체 평균을 쓰고, concordance는 "일치하는 dose 영역이 얼마나 넓은가"를 보는 서술 지표로 쓰는 편이 안전합니다. 위 cutoff 표의 일치율은 이런 선택 편향이 없습니다.

ZIP · Loewe 미지원 — 용량-반응 곡선 적합이 필요해 브라우저 버전에서는 빼두었습니다. 필요하면 R 스크립트를 쓰세요.

인용 — 이 페이지는 SynergyFinder의 코드를 쓰지 않고 같은 reference model 정의만 다시 구현한 것입니다. 논문에는 "HSA/Bliss reference model as defined in SynergyFinder"처럼 모델 출처를 밝히고, 실제로 SynergyFinder 웹앱이나 R 패키지로 계산한 수치라면 아래 각주의 해당 논문을 인용하세요.

PairIndex가 여러 개면 블록마다 별도 샘플 탭이 생깁니다. 여러 파일을 한 번에 열어도 됩니다.